پیروزی انقلاب اسلامی و اشغال سفارت آمریکا در 13 آبان 58 و نیز انقلاب فرهنگی در سال 59، جریان چپ و التقاطی را از صحنه‌ی دانشگاه حذف و انجمن‌های اسلامی به مرکزیت دفتر تحکیم وحدت را یگانه فعال عرصه‌ی دانشگاه‌ها می‌کند. دفتر تحکیم که در سال 58 و به همت کسانی چون احمدی‌نژاد، دادمان و بیطرف شکل گرفته، نقش هماهنگ‌کننده و هدایت‌گر انجمن‌ها را ایفا می‌کند و انجمن‌ها، محل حضور و فعالیت عموم دانشجویان مسلمان و معتقد به خط امام می‌شود. در نبود گروه‌های مخالف نظام در صحنه سیاسی کشور و به تبع آن دانشگاه، آرام آرام اختلافات بر سر مسایل سیاسی و اقتصادی در میان نیروهای مسلمان خود را آشکار می‌سازد و بعدها مجمع روحانیون مبارز، از جامعه روحانیت انشعاب می‌کند. در حدود سال 60 مسئله نحوه تعامل بین حزب جمهوری اسلامی (که به علت فراگیر بودنش شاخه‌ی دانشجویی داشت) با تشکل‌های دانشجویی منجر به ایجاد نوعی جوّ ضدّحزبی در دفتر تحکیم می‌گردد. جلسات سخنرانی شهید بهشتی (ره) در جمع تعدادی از انجمن‌ها که بدون هماهنگی با تحکیم صورت گرفت (متن این سخنرانی‌ها اکنون به صورت «کتاب تشکل حق» و جزوه «کیش مهر» در دسترس اعضای جامعه است) و نیز سخنرانی شهید آیت در اردوی سالانه‌ی تحکیم و واکنش شورای مرکزی تحکیم به آن، کم‌کم جریان منتقدی را در درون انجمن‌ها مشخص می‌کند که شاخصه‌ی آن نزدیکی به حزب جمهوری و تفکرات شهید بهشتی می‌شود. به این ترتیب دو طیف مخالفان و طرفداران حزب، در داخل تحکیم آشکار می‌شود. این دو گروه ابتدا وزن یکسانی دارند، اما به تدریج این معادله به نفع مخالفان حزب تغییر می‌کند تا آن که در سال 62 که مسئله‌ی ارائه‌ی لیست در انتخابات مجلس دوم این اختلافات را به اوج خود رسانده است، در پی انتخابات شورای مرکزی یک‌دستی خاصی در تحکیم به وجود می‌آید و تحکیم به لحاظ جناح بندی کاملاً «چپ» می‌شود. به تبع این شرایط، در داخل انجمن دانشگاه‌ها، نیروهای غیر «چپ» به انحای مختلف حذف می‌شود (مانند رد صلاحیت بی‌دلیل کاندیداها و حتی عدم تحویل مهر و کلید انجمن به گروه منتخب) به گونه‌ای که مجموعه‌ی شرایط حاکم، موجب ایجاد فضایی یک طرفه و به معنای واقعی انحصار طلبانه در محیط دانشگاه می‌گردد. جریان منتقد مجبور می‌شود در قالب کانون شهدای 72 تن و هیئت متوسلین به حضرت زهرا(س) در دانشگاه تهران، و شاخه‌ی دانشجویی حزب جمهوری در کل کشور فعالیت کند. این فعالیت‌ها بیشتر خارج از دانشگاه‌ها صورت می‌گیرد. پس از انحلال حزب در سال 66 بحث ادامه یافتن فعالیت شاخه‌های آن تحت عنوان جوامع اسلامی توسط آیت ا... خامنه‌ای که در آن زمان رییس‌جمهور بودند، مطرح می‌شود. لذا در همان سال 66 و در زمان انتخابات مجلس سوم، جامعه اسلامی دانشجویانی توسط آقایان مشکینی، ملکوتی، رحیمی یگانه و دیانتی شکل می‌گیرد که ویژگی آن حضور دانشجو و طلبه است. لکن به دلیل فراهم نبودن زمینه در دانشگاه‌ها و با توجه به دوران جنگ و همچنین اشتغال برخی از آن دوستان به دروس طلبگی عملاً این حرکت در حد نام باقی مانده و فعالیتی در سطح دانشگاه بصورت جدی انجام نمی‌شود.
با پایان جنگ، و موضوع عزل آقای منتظری و موضع عجیب و نامتناسب تحکیم در این رابطه، هم چنین رحلت امام در سال 68 و انتخاب آیت ا... خامنه‌ای برای رهبری انقلاب، بار دیگر ضرورت ایجاد تشکیلاتی ولایت‌مدار و بر اساس تفکر ناب اسلامی در دانشگاه‌ها احساس می‌شود.
بدین ترتیب جامعه اسلامی دانشجویان در سال 68 توسط فضائلی، مرادیان ، درخشان، سهلانی و نصراصفهانی به عنوان هیئت مؤسس اعلام موجودیت می‌کند. از آنجا که افراد هیئت مؤسس بر این باور بودند که حرکت در نظام ولایی، زمانی از مشروعیت لازم برخوردار خواهد بود که نه تنها ولی فقیه با آن مخالفت نداشته باشد، بلکه آن را تأیید فرماید، لذا با وجود اینکه با واسطه‌ای خبر عدم مخالفت رهبر انقلاب با این حرکت مشخص شده بود، و لیکن بمنظور حصول اطمینان در جلسه‌ای با مقام معظم رهبری، آقای درخشان این سؤال مطرح می‌نماید که ایشان در پاسخ می‌فرماید: «این حرکت علمی است که بلند شده و دیگر نباید بر زمین بیافتد.» ایشان همچنین توصیه‌هایی به این مضمون می‌نماید که: «شما با گروه‌های دیگری که با نام اسلامی در دانشگاه‌ها هستند، برخورد نکنید، حرکت اثباتی بکنید نه نفیی. دوم این که سعی کنید آدم‌های کیفی وارد تشکیلات شوند. سوم این که هیچ گاه ارتباط خود را با روحانیت از دست ندهید.»
هرچند اعلام موجودیت جامعه با مخالفت شدید تحکیم روبه‌رو می‌گردد، اما در دانشگاه‌ها از حرکت جامعه استقبال فراوانی می‌شود و تا سال 70 شاخه‌های آن در شهرستان‌های شیراز (مؤسین جامعه در شیراز آقایان باقری لنکرانی، فروردین، نجابت و حسینی هستند)، اصفهان، قم، مشهد، تبریز، کرمان و دیگران پا می‌گیرد. در انتخابات مجلس چهارم در سال 70 جامعه حضور دارد و تا سال 75 که اولین کنگره‌ی سراسری جامعه اسلامی دانشجویان با پیام مقام معظم رهبری برگزار و اولین شورای انتخابی تشکیل می‌شود، جامعه از لحاظ تشکیلاتی خود را منسجم و منظم می‌کند. در انتخابات ریاست جمهوری سال 76 جامعه از آقای ناطق حمایت می‌کند که با پیروزی آقای خاتمی در آن دوره، فضای جدیدی در سطح کشور و دانشگاه ایجاد می‌شود. حوادثی چون تیرماه 78 نشان‌دهنده‌ی آن است که دشمن برای به زانو درآوردن انقلاب و براندازی نظام، امید فراوانی به دانشگاه و گروه‌هایی مثل تحکیم (که اکنون کاملاً از خط اسلام منحرف شده و به دشمنی با نظام می‌پردازد) بسته است. بنابراین نقش جامعه و تشکل‌هایی چون بسیج دانشجویی در دفاع از انقلاب بیش از گذشته اهمیت می‌یابد.
تا پیش از سال 81 ساختار جامعه به صورت مرکزگرا، است. در این سال و در پنجمین کنگره، اساسنامه اصلاح شده و دفاتر دانشگاهی جایگزین شاخه‌های شهری می‌شود. با افول جنبش اصلاحات غیراسلامی (دوم خردادی‌ها) در دهه‌ی 80 و طرح بحث مبارزه با فقر و فساد و تبعیض به عنوان اصلاحات واقعی، جامعه در فراگیر شدن گفتمان عدالت‌خواهی در دانشگاه‌ها سهم به سزایی دارد و در حالی که که گروه‌های مخالف نظام در دانشگاه‌ها بدنه‌ی خود را از دست می‌دهند، الگوهای اسلامی پرطرفدارتر می‌شوند. در بهمن‌ماه 83 جامعه به عنوان تنها تشکل دانشجویی رسماً از کاندیداتوری دکتر احمدی‌نژاد حمایت می‌کند. این در حالی است که اشخاص دیگری از جانب سایر گروه‌ها و احزاب اصولگرا کاندیدای ریاست جمهوری هستند. پیروزی ناباورانه‌ی احمدی‌نژاد در انتخابات 84 نشان‌دهنده‌ی تأثیر و اهمیت جریان‌های دانشجویی در گفتمان‌سازی و الگوگیری مردم از آنهاست
پایه‌ی فعالیت‌های تشکیلاتی جامعه بر اساس تفکرات شهید بهشتی و مبنای اعتقادی جامعه بر گرفته از نظرات شهید مطهری پایه‌ریزی گردیده و ولایت‌پذیری و اجرای منویات رهبری در دانشگاه، از همان ابتدا و تا به امروز در صدر رسالت‌های آن قرار داشته است. با توجه به اینکه خصوصیت بارز این مجموعه دانشجویی بودن آن است، کلیه‌ی برنامه‌ها و فعالیت‌ها از مرحله‌ی برنامه‌ریزی تا مرحله اجرا همه از طریق خود دانشجویان انجام می‌گیرد و مجموعه‌های غیر دانشجویی در آن نقشی ندارند. گستره‌ی فعالیت‌های جامعه اعم از مسایل سیاسی، فرهنگی، عقیدتی و غیره، زمینه‌ی عضویت و فعالیت و شکوفایی دانشجویان دغدغه‌مند را فراهم آورده است تا در ضمن کوشش در جهت اسلامی‌تر کردن دانشگاه‌ها، خود را برای ساختن جامعه‌ی بزرگ اسلامی و زمینه‌سازی ظهور حضرت ولی‌عصر (ارواحنا فداه) آماده نمایند.
وجه تمایز جامعه اسلامی دانشجویان با انجمن اسلامی دانشجویان
اعلام موجودیت جامعه اسلامی دانشجویان با مخالفت شدید انجمن های اسلامی دفتر تحکیم روبه‌رو می‌شود، اما در دانشگاه‌ها از حرکت جامعه اسلامی دانشجویان استقبال فراوانی می‌شود و تا سال ۱۳۷۰ شاخه‌های آن در شهرستان‌های شیراز، اصفهان، قم، مشهد، تبریز، کرمان و… پا می‌گیرد.
در سال ۱۳۷۵ که اولین کنگره سراسری جامعه اسلامی دانشجویان با پیام مقام معظم رهبری و حضور رئیس قوای مقننه و قضائیه برگزار و اولین شورای انتخابی تشکیل می‌شود، جامعه از لحاظ تشکیلاتی خود را منسجم و منظم می‌کند.
از مهمترین وجوه تمایز اتحادیه جامعه اسلامی دانشجویان با سایر تشکل های دانشجویی، ورود آشکار و تابلودار در بحث انتخابات و شناسایی و اعلام کاندیداهای اصلح و مورد تأیید دانشجویان است، در حالی که اکثر تشکل های دانشجویی در مقوله انتخابات با لحاظ برخی مصلحت اندیشی ها به معرفی مصادیق و کاندیداها نمی پردازند، انجام این کار از سوی سیاسی ترین تشکل دانشجویی کشور، همیشه بعنوان سندی از فعالیت سیاسی دانشجویی شناخته می شود.